藏醫的理論主要講究藥物的生長、性、味、效與五源(水、土、火、風、空),另外,講性、味、效是臨床用藥的理論基礎。
藏藥的藥味有六種:甘、酸、咸、苦、辛、澀等,其中以苦味為藥物效果最佳。由于藏藥一般生長在海拔3800多米的雪峰上,所以藥物沒有被污染,藥物的有效成份沒有受到其它物質的干擾和破壞,所以它的藥效比中藥還要見效快。另外,藏藥治病的最大特點是直入病灶,直接抑制病毒,從機體根本上去治療。中醫是二元論,藥理是四元五味藏藥的采集與中藥也不同。中藥是跟著季節去采集,而藏藥是在藥材有效成份含量最高時采集。