環磷酰胺等免疫抑制劑不僅有免疫抑制作用，同時還有較強的抗炎作用。所以在自身免疫病的治療不僅能起到鞏固療效的作用，還可起到消除癥狀的作用。

　　然而，環磷酰胺的這種抑制作用也決定了它的毒副作用：

　　骨髓抑制引起貧血，造成白細胞、紅細胞減少。特別是可以造成嚴重的血小板減少，可以引起嚴重的大出血，應特別引起注意。

　　易感染是環磷酰胺的主要副作用，這可能與粒細胞減少有關。在應用環磷酰胺時常常應用抗生素以預防和控制感染，這又增加了紅斑狼瘡不穩定的因素。

　　長期應用環磷酰胺將不可避免的出現性腺抑制，造成女性患者月經紊亂或閉經，會影響青年女性將來的結婚和生育。對于處于生長發育期的少年兒童將會影響生長發育。

　　遠期的致癌作用和致畸胎作用。

　　因為環磷酰胺有嚴重的毒副作用，應該慎重選擇應用環磷酰胺的適應癥。對生長發育和生育的影響，將會影響患者的生活質量造成深遠的影響。在今天的醫療水平，已經遠遠不是如何保護患者的生命問題，而是如何提高患者的生活質量。筆者認為只有在具有生命危險的紅斑狼瘡患者才有必要應用環磷酰胺的免疫抑制劑。在處在生長發育期的兒童尤其應避免長期應用。

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